Длительно существующий запор может вызывать различные осложнения: вторичный колит, проктосигмоидит (воспаление сигмовидной и прямой кишки). При длительном застое содержимого в слепой кишке возможно обратное его забрасывание в тонкую кишку с развитием энтерита (рефлюкс-энтерит). Запоры могут осложняться заболеваниями желчевыводящих путей, гепатитом.
Длительные запоры способствуют появлению различных болезней прямой кишки. Чаще всего возникает геморрой, а также трещины прямой кишки, воспаление околопрямокишечной клетчатки (парапроктит).
Иногда они становятся причиной расширения и удлинения толстой кишки (приобретенный мегаколон), что делает запоры еще более упорными.
Наиболее грозным осложнением длительных запоров является рак прямой и толстой кишки. Существует мнение, что застой содержимого в кишечнике, вызванный употреблением продуктов, бедных пищевыми волокнами, приводит к большой концентрации образующихся в кишечнике канцерогенных (способствующих развитию рака) веществ и длительному их действию на стенку кишки. Тревожными симптомами, позволяющими заподозрить возможность возникновения опухоли толстой кишки, являются общее плохое самочувствие, похудание, недавнее появление запора у людей старше 50 лет, стул у которых до того был нормальный, кровь в кале.